2010年11月24日至2011年2月15日，审计署科学工程审计局组成审计组对我院力学研究所、过程工程研究所、高能物理研究所、生物物理研究所、物理研究所、计算机网络信息中心、遥感应用研究所和中科正阳信息安全技术有限公司承担的技术研究与开发经费15个国家项目（课题）进行了专项审计；2010年11月19日至2011年2月18日，审计署监察人事审计局组成审计组对我院地理科学与资源研究所承担的“中国重大自然灾害风险等级综合评估技术研究”和生态环境研究中心承担的“持久性有机污染物控制与削减的关键技术研究与示范”项目进行了专项审计，并就此出具了审计报告。在向被审计单位了解了相关情况后，2011年3月1日，计划财务局向审计署就审计报告内容进行了确认。从审计报告内容来看，本次审计未发现严重违规违纪问题。针对审计报告提出的需要被审计单位做财务调整处理等问题，有关单位正在积极整改中。