2010年11月4日，审计署科工审计局组成审计组对我院本级和网络中心、动物所、高能所、力学所、电子所、国家天文台、光电院（总体部）7个二级预算单位的2010年度预算执行情况和其他财政收支进行了审计，并结合我院2010年度决算（草案）审签。2011年3月25日，审计署提出了《中国科学院2010年度预算执行和其他财政收支情况以及决算（草案）审计报告》（征求意见稿）。审计认为我院所属单位较为重视预算管理和财务管理，预算执行基本遵守了预算法及其他法律法规的规定，会计核算和财务管理比较规范。但也存在部分被审单位虚列支出、扩大开支范围、用零余额账户资金垫付非零余额项目经费、固定资产未及时入账等问题。从审计报告内容来看，不存在严重违规违纪问题。我局在收到征求意见稿后，及时与有关单位进行了认真核对并提出整改措施。2011年4月8日，我局代表院对上年度审计结果进行了确认，并出具了《关于〈中国科学院2010年度预算执行和其他财政收支情况以及决算（草案）审计报告〉的反馈意见》，审计工作进入整改落实阶段。