国有资本经营预算是国家以所有者身份依法取得国有资本收益，并对所得收益进行分配而发生的收支预算，是政府预算的组成部分，其核心是所属企业必须按照企业税后净利润的5%收取国有资本收益。建立国有资本经营预算制度，是党中央、国务院从完善社会主义市场经济体制的全局出发采取的一项改革措施。自2007年以来，中央国有资本经营预算实施范围不断扩大，已有约80%的独立核算中央企业纳入了预算实施范围，如教育部所属企业等，并多次要求我院所属企业纳入国有资本经营预算实施范围。2011年8月，财政部再次要求我院企业纳入国有资本经营预算实施范围。因科技成果转移转化等需要资金，我院再次申请暂缓纳入实施范围。2012年2月，经国务院批准，同意将工信部、体育总局所属企业，中央文化企业国有资产监督管理领导小组办公室履行出资人职责的中央文化企业，卫生部、国资委所属部分企业，民航局直属首都机场集团公司，纳入中央国有资本经营预算实施范围，国有资本经营预算实施范围进一步扩大。2012年，我院所属企业暂不纳入实施范围。